Yakın gelecekte, ani ve açıklanamayan bir deniz yükselişi, insan uygarlığının çoğunu su altında bıraktı. Birkaç yıl önce bir kazada annesini ve bacağını kaybeden bir çocuk olan Ikaruga Natsuki, büyük şehirdeki zorlu bir hayattan hayal kırıklığına uğramış bir şekilde geri döndüğünde eski kır evini deniz tarafından yarı yutulmuş olarak bulur. Ailesiz kalan, adına sahip olduğu tek şey, okyanus bilimci büyükannesinin ona bıraktığı gemi ve denizaltı ile borçlarıdır. Kaybettiği geleceğe dair hayallerini geri getirmek için tek umudu, şüpheli borç tahsildarı Catherine tarafından kendisine sunulan bir fırsatı değerlendirmektir. Söylentiye göre orada bıraktığı söylenen bir hazineyi bulmak için büyükannesinin laboratuvarının batık kalıntılarını aramak için yelken açarlar. Ama buldukları şey zenginlik ya da mücevher değil; Denizin dibinde bir tabutun içinde uyuyan garip bir kız. Atri. Atri bir robottur, ancak görünüşü ve duygu zenginliği, herkesi onun yaşayan, nefes alan bir insan olduğunu düşünmesi için kandırır. Kurtarıldığı için minnettarlıkla Natsuki'ye bir beyanda bulunur: "Efendimin son emrini yerine getirmek istiyorum. Bunu yapana kadar, senin bacağın olacağım!" Yavaş yavaş okyanus tarafından sarılan küçük bir kasabada, bu çocuk ve bu gizemli robot kız için unutulmaz bir yaz başlamak üzere...